Universitas Mercubuana yogyakarta dahulu berdiri dengan nama IPWI (Institut Pertanian Wangsa Manggala Indonesia) kemudian berubah nama menjadi Universitas Wangsa Manggala (UNWAMA) di tahun 1986 dan di tahun 2008 berubah nama menjadi universitas mercubuana yogyakarta. Saat ini (2018) mendapatkan peringkat Akreditasi Institusi dengan perdikat B.
Visi : “menjadi uneversitas unggul ,Mutu,dan Bermanfaat bertaraf internasional pada tahun 2029”
Misi : Menyelenggarakan pendidikan tinggi yang bermutu untuk menghasilkan lulusan yang memeliki keunggulan dalam ilmu teknologi, dan/atau seni dan mampu bersaing pada tingkat nasional dan global, untuk mewujudkan cita-cita “Angudi Mulyaning Bangsa”.
Filosofi Pendidikan : Para pendiri Universitas Mercu Buana Yogyakarta berkeyakinan bahwa kebahagiaan dan kesejahteraan adalah rahmat Allah SWT dan merupakan cita-cita semua umat manusia. Oleh karena itu Universitas Mercu Buana Yogyakarta berusaha ikut andil membantu masyarakat Indonesia umumnya untuk mewujudkan cita-cita tersebut melalui penyelenggaraan pendidikan, pengajaran, penelitian dan pengabdian pada masyarakat.